Il complesso del Mulino (XII secolo d. C.) accoglie alcuni ambienti per il deposito dei reperti, il laboratorio di restauro, il laboratorio di diagnostica, la sala conferenze, uno spazio per la didattica, ambienti per redazione, consultazione e archiviazione della documentazione concernente Gonfienti, oltre a uno spazio dedicato agli Archivi del laboratorio di restauro della ex-Soprintendenza Archeologia della Toscana, consultabili previo accordo.
I tre ambienti della torre ospitano uno spazio espositivo che illustra le fasi più antiche del territorio circostante Gonfienti (in particolare il territorio dei Comuni di Prato, Campi Bisenzio, Calenzano), oltre ad una sala per mostre temporanee, dedicate in particolare a reperti di notevole interesse per i quali è stato ultimato il restauro.
